Порядок ведення Єдиного реєстру податкових накладних встановлено постановою Кабінету Міністрів України від 29.12.2010р. № 1246 "Про затвердження Порядку ведення Єдиного реєстру податкових накладних”. Покупець має право звіряти дані отриманої податкової накладної на відповідність із даними Єдиного реєстру податкових накладних.

Законом України №3609 - VI від 7 липня 2011  «Про внесення змін до Податкового кодексу України та деяких законодавчих актів України щодо удосконалення деяких норм Податкового кодексу України» внесено зміни до п 201.10 ст.201 ПКУ, відповідно до яких реєстрація податкових накладних та/або розрахунків коригування до податкових накладних у Єдиному реєстрі податкових накладних здійснюється не пізніше двадцяти календарних днів, наступних за датою їх виписки.

Згідно норм п 201.10 ст.201 ПКУ податкова накладна видається платником податку, який здійснює операції з постачання товарів/послуг, на вимогу покупця та є підставою для нарахування сум податку, що відносяться до податкового кредиту.

Відсутність факту реєстрації платником податку - продавцем товарів/послуг податкових накладних в Єдиному реєстрі податкових накладних та порушення порядку заповнення податкової накладної не дає права покупцю на включення сум податку на додану вартість до податкового кредиту та не звільняє продавця від обов'язку включення суми податку на додану вартість, вказаної в податковій накладній, до суми податкових зобов'язань за відповідний звітний період.

Виявлення розбіжностей даних податкової накладної та Єдиного реєстру податкових накладних є підставою для проведення органами державної податкової служби документальної позапланової виїзної перевірки продавця та у відповідних випадках покупця товарів/послуг.

У разі відмови продавця товарів/послуг надати податкову накладну або в разі порушення ним порядку її заповнення та/або порядку реєстрації в Єдиному реєстрі покупець таких товарів/послуг має право додати до податкової декларації за звітний податковий період заяву із скаргою на такого постачальника, яка є підставою для включення сум податку до складу податкового кредиту. До заяви додаються копії товарних чеків або інших розрахункових документів, що засвідчують факт сплати податку у зв'язку з придбанням таких товарів/послуг або копії первинних документів, складених відповідно до Закону України "Про бухгалтерський облік та фінансову звітність в Україні", що підтверджують факт отримання таких товарів/послуг.